Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος είναι ο Πρόεδρος, η Γενική Συνέλευση του Τμήματος, οι Διευθυντές Τομέων και οι Γενικές Συνελεύσεις των Τομέων. Ο Πρόεδρος του Τμήματος εκλέγεται από τους Καθηγητές και τους υπηρετούντες λέκτορες του Τμήματος με άμεση, μυστική και καθολική ψηφοφορία και έχει διετή θητεία. Οι Διευθυντές Τομέων εκλέγονται κάθε χρόνο από τα μέλη των Τομέων. Η Συνέλευση του Τμήματος αποτελείται από τους Καθηγητές και τους υπηρετούντες λέκτορες του Τμήματος,  έναν εκπρόσωπο, ανά κατηγορία, των μελών του Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού (ΕΕΠ), των μελών του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ) και των μελών του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ), καθώς και δύο εκπροσώπους των φοιτητών του Τμήματος (έναν προπτυχιακό και έναν μεταπτυχιακό φοιτητή).

Οι καθηγητές και λέκτρορες συμμετέχουν στη γενική συνέλευση του Τμήματος  μέσω  εκπροσώπων (30 στον αριθμό) οι οποίοι εκλέγονται σε ετήσια βάση με μυστική ψηφοφορία. Οι εκπρόσωποι των μελών του Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού (ΕΕΠ), του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ) και του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ) εκλέγονται με άμεση, καθολική και μυστική ψηφοφορία μεταξύ των αντίστοιχων μελών τους. Οι εκπρόσωποι των φοιτητών εκλέγονται από το σύνολο των αντίστοιχων ενεργών φοιτητών, με ενιαίο ψηφοδέλτιο και άμεση, καθολική και μυστική ψηφοφορία.

Στο διοικητικό έργο υποβοηθούν και οι Επιτροπές του Τμήματος οι οποίες συγκροτούνται από τον Πρόεδρο για τη μελέτη και διεκπεραίωση συγκεκριμένων θεμάτων του Τμήματος.

Για το τρέχον ακαδημαϊκό έτος οι επικεφαλής των οργάνων διοίκησης είναι:

• Πρόεδρος Τμήματος:
  Σαμουήλ Κοέν, Καθηγητής
• Αναπληρωτής Πρόεδρος Τμήματος:
  Αθανάσιος Μπουρλίνος, Καθηγητής
• Διευθυντής Τομέα Ι:
  Αλέξανδρος Νίντος, Καθηγητής
• Διευθυντής Τομέα ΙΙ:
  Αθανάσιος Δέδες, Καθηγητής
• Διευθυντής Τομέα ΙΙΙ:
  Ιωάννης Παπαδόπουλος, Αναπληρωτής Καθηγητής
• Διευθυντής Τομέα ΙV:
  Περικλής Παπαδόπουλος, Αναπληρωτής Καθηγητής