Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος είναι ο Πρόεδρος, η Συνέλευση του Τμήματος, οι Διευθυντές Τομέων και οι Γενικές Συνελεύσεις των Τομέων. Ο Πρόεδρος του Τμήματος εκλέγεται από τους Καθηγητές και τους υπηρετούντες λέκτορες του Τμήματος. Οι Διευθυντές Τομέων εκλέγονται από τα μέλη των Τομέων. Η Συνέλευση του Τμήματος αποτελείται από τους Καθηγητές και τους υπηρετούντες λέκτορες του Τμήματος,  έναν εκπρόσωπο, ανά κατηγορία, των μελών του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ) και των μελών του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ), καθώς και δύο εκπροσώπους των φοιτητών του Τμήματος (έναν προπτυχιακό και έναν μεταπτυχιακό φοιτητή).

Οι καθηγητές και λέκτορες συμμετέχουν στη Συνέλευση του Τμήματος. Οι εκπρόσωποι των μελών του Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού (ΕΕΠ), του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ) και του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ) εκλέγονται μεταξύ των αντίστοιχων μελών τους. Οι εκπρόσωποι των φοιτητών εκλέγονται από το σύνολο των αντίστοιχων ενεργών φοιτητών, με ενιαίο ψηφοδέλτιο και άμεση, καθολική και μυστική ψηφοφορία.

Στο διοικητικό έργο υποβοηθούν και οι Επιτροπές του Τμήματος οι οποίες συγκροτούνται από τον Πρόεδρο για τη μελέτη και διεκπεραίωση συγκεκριμένων θεμάτων του Τμήματος.

Για το τρέχον ακαδημαϊκό έτος οι επικεφαλής των οργάνων διοίκησης είναι:

• Πρόεδρος Τμήματος:
  Λέανδρος Περιβολαρόπουλος, Καθηγητής
• Αναπληρωτής Πρόεδρος Τμήματος:
  –
• Διευθυντής Τομέα Ι:
  Αλέξανδρος Νίντος, Καθηγητής
• Διευθυντής Τομέα ΙΙ:
  Αθανάσιος Δέδες, Καθηγητής
• Διευθυντής Τομέα ΙΙΙ:
  Ιωάννης Παπαδόπουλος, Αναπληρωτής Καθηγητής
• Διευθυντής Τομέα ΙV:
  Περικλής Παπαδόπουλος, Αναπληρωτής Καθηγητής